Nadace české architektury (dále NČA) vznikla oddělením od Nadace Český fond umění (NČFU), organizace společné pro výtvarné umělce a architekty, která tuto nadaci zřídila v souladu se svým statutem. Registrována byla dne 30. června 1997 u Obvodního úřadu pro Prahu 1 pod registračním číslem P1-525/97 jako Nadace Český fond architektury. Dne 4. prosince 1998 došlo v souladu se zákonem č. 227/1997 Sb. o nadacích k přeregistraci nadace u Krajského obchodního soudu v Praze 2, oddíl N, složka č. 58 pod novým jménem Nadace české architektury (NČA). V roce 1999 se nadace stala členem asociace Fórum dárců, sdružení nadací působících v České republice. V lednu roku 2001 se nadace úspěšně zúčastnila výběrového řízení vyhlášeného Úřadem vlády České republiky na rozdělení Nadačního investičního fondu (dále NIF), díky kterému bylo její nadační jmění posíleno finančními prostředky státu.
Ke dni 30. 6. 2014 podepsala Nadace Dohodu o ukončení Smlouvy o převodu zbývajících prostředků určených usnesením Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR pro účely podpory nadací, kterou uzavřela 11. 2. 2002 s tehdejším Fondem národního majetku ČR. Prostředky, které byly Ministerstvem, resp. Fondem národního majetku ČR, převedeny Smlouvou o převodu ve prospěch Nadace, se nevrací a zůstávají součástí nadačního kapitálu Nadace.“ Nadace tedy od okamžiku podepsání smlouvy smí používat převedené prostředky dle vlastního uvážení, je však zavázána dodržovat ustanovení § 303 a násl. Zákona č. 89/2012, občanského zákoníku, případně další zákonné předpisy regulující činnost nadací a nadačních fondů.
